腰と関節の問題
ペキニーズは胴長で短足のため、背骨や膝関節の脱臼のリスクが高い。ソファーなど高い位置からの上下ジャンプ、階段の昇り降り、急坂や滑りやすいフローリングを走り回ることにより、潜在的な背骨や膝関節の問題を発生させ、徐々に変形性関節症を進行させ、痛みのために足を引きずって歩くようになる。
また、ペキニーズを持ち上げるときには、片方の手で胃の下、もう片方の手で胸の下に手を置くことで背中の長さを支持すること。

出産の問題
ペキニーズは出産時、大変な難産であることは知られている。これは大きなサイズの子犬の頭と、母親の小さな下半身のサイズのためである。このことは母親と子犬には致命的な問題であり、獣医の援助で管理しなければならない。
これは、すべてのペキニーズに共通した問題であるので、決して一人で出産をさせるべきではない。基本的にはペキニーズの繁殖は、専門家に任せるべきである。

呼吸の問題
ペキニーズは広い頭と低い鼻が特徴の短頭犬の種類であるために呼吸が困難な状況にある。そのため体に耐久力がない。ペキニーズを歩かせるときゼイゼイと喘ぎ始めた場合、体を休ませる必要性を意味している。散歩の途中で毎回必ず数分間づつの休息を与えてやらねばならない。

熱射病の問題
呼吸困難によって引き起こされる２番目の大きな問題は体温調節である。熱射病の危険性の高い犬種であり、暑い日の戸外にいることや、熱くてむっとしている部屋に閉じ込められることにより、生命の危険や脳障害の引き金になる。暑いときには、飲み物、冷水、クーラーのきいた部屋、スプレーボトルで絶えず霧で覆うなどの配慮をすること。また、運動と遊びは最小に抑え、眠り続けさせることが必要。
吐き気(疲労、衰弱、筋肉の痙攣、荒い息づかい、失見当などの徴候があれば、全身を冷やしながら一刻も早く獣医の診察を受けさせること。

全身麻酔リスク
呼吸困難によって引き起こされる３番目の大きな問題は麻酔である。マズルの短い犬は鼻道が狭く呼吸がしづらいため、人間で言うと鼻づまりの人が一生懸命呼吸をしようとして、鼻道に無理な力が加わり炎症を起こしやすくなり、そのせいでまた一生懸命呼吸をするという悪循環に陥る。それは同時に気管というところにも圧力がかかり、軟骨が弱かったりすると気管虚脱（きかんきょだつ）になりやすくもある。
また、口で呼吸を行うこともあるために、口の中も炎症が起こり易くなり手術の際にはおそらく気管チューブという肺の近くまで酸素や吸入麻酔薬を送るための管を口から入れることになると思われるが、炎症が起こっているためにペキニーズなどによくある軟口蓋過長（なんこうがいかちょう）が増長されて、入れにくくなり危険な状態になることもある。 （自発呼吸を止めて人工呼吸器で手術中に管理しようとする場合）また、手術が終わっても麻酔が効いているためにうまく自発呼吸ができないために呼吸困難になりやすくもあり、そのあたりを理解している動物病院で行うのが望ましい。
肥満であればなおさら、危険度は増す。ペキニーズとなると麻酔リスクの方をよく考える必要がある。

運動の問題
ペキニーズは、かなり低エネルギーの犬であるため、広いスペースを必要とするというわけではないが、身体的にも精神的にも健康な状態を保つためには毎日の運動が必要である。ただし、長い散歩は避け、頻繁に休憩をとってやらないと、疲労と関節へ負担を与える。

体温調節の問題
ペキニーズは、涼しい（coolでcoldではない）気候にあった犬種である。というのも、二重の層の毛と呼吸困難の性質を持っているため、体温調節が上手くできないからである。熱射病になりやすいので、毛皮を短くしたり涼しく過ごせる工夫が必要。しかし、極端に寒い気温もまた仔犬にとっては不適切である。

心臓病の問題
うっ血性心不全の兆候は、発見が難しい場合がある。 しかし、兆候は一朝一夕により厳しくなる。 前兆のいくつかは以下の通り。 �@エネルギー欠乏 （疲れやすく行動的でなくなる） �A食欲不振 �B体重減少 �Cあえぐような呼吸（休息している間、喘ぎながら、咳をし、呼吸困難の兆候を示す） �D咳 �E膨らんだ腹（腹水が肝臓と腹に蓄積するため胃は拡大する） �F口の色の変化（ 口の膜の色は健康なピンク色ではなくむしろ灰色となる） 獣医の定期的診察が必要である。

目の問題
ペキニーズの目は出ているので、異物による外傷を受けやすい。戸外での小枝や長い草の葉などによる危険を最小にするため、犬の活動と環境を意識してやることが必要。 また、目玉が深い眼窩によって完全に取り囲まれているわけではないので、目が飛び出すことがある。 後頭部の衝撃、乱暴に革ひもを引くこと、または乱暴に扱われるときに通常起こる。 ペキニーズのような短頭犬の場合は、ハーネスの使用が望ましい。 大きな目は、まぶたを完全に閉じないで眠っている場合がある。これは、ドライアイや炎症の原因であり、外科的治療で修正できる。 鼻の上の皮膚のシワは、涙がたまり汚れやすく、目の近くの皮膚傷と皮膚炎の原因になるので、汚れを拭いてやることが必要である。